Прообраз современного фломастера был обнаружен в гробнице Тутанхамона. Он напоминал медный карандаш, внутри которого была пропитанная чернилами тростинка, благодаря которой чернила вытекали постепенно.
В 1942 году японец Юкио Хори изобрел особый наконечник, способствующий более равномерному вытеканию чернил. Немецкая фирма Edding, специализирующаяся на производстве красок, карандашей и чернил в Европе, в начале 1960 предложила использовать в качестве наконечника прессованный войлочный материал. А уже в марте того же года японская компания Pentel продала первые фломастеры. Вслед за ней Tokyo Stationery Company выпустила ручки с фетровыми наконечниками, которым и было присвоено имя «фломастер».
Считается, что это название произошло от английского слова flow (струиться, течь). Но также существует мнение, что имя произошло от бренда Flowmaster (под ним выпускались используемые чернила).
Окончательно завоевали мир фломастеры в 80-е годы. Они стали продаваться в картонных, пластиковых и даже металлических упаковках. В наши дни выпускается огромное количество разнообразных фломастеров, в том числе с эффектом акварели, для работы по текстилю, косметические и др.
Обычные фломастеры состоят всего из нескольких деталей: пластикового корпуса, пористого стержня, пропитанный красящим веществом, и фетрового наконечника, служащего в качестве пера. Чернила поступают по микроскопическим каналам стержня к фетровому наконечнику, который расходует их постепенно до последней капли.